Filmowego „opiekuna Nikifora” w pierwotnym założeniu miał zagrać Andrzej Chyra, z którym Krzysztof Krauze współpracował już przy realizacji Długu. Pomiędzy aktorem a twórcą nie doszło jednak do porozumienia. W rolę Mariana Włosińskiego wcielił się finalnie Roman Gancarczyk ze Starego Teatru im. Heleny Modrzejewskiej w Krakowie. Reżyser tłumaczył swoją decyzję w rozmowie z miesięcznikiem „Kino”:
Zdjęcia thumb|Krynicki Stary Dom Zdrojowy, w którym kręcono część scen Zdjęcia do Mojego Nikifora rozpoczęły się 3 marca 2004 w podkrynickiej miejscowości Czyrna, w której realizowano sceny w kościele i na łemkowskim cmentarzu. Dwa dni wcześniej Joanna Kos i Krzysztof Krauze wzięli ślub w Ratuszu w Nowym Sączu (jednym z obiektów namalowanych przez Nikifora). Znaczną część ujęć do filmu, w tym sceny na deptaku, nakręcono w Krynicy-Zdroju. Do scen dziejących się wewnątrz budynku wykorzystano pomieszczenia Starego Domu Zdrojowego. Ponadto plan zdjęciowy miał również miejsce w Nowym Sączu i Piwnicznej-Zdroju. Z kolei sceny w sanatorium zrealizowano w Żegiestowie, a wystawy w warszawskiej Zachęcie.