Równie udany dla Bonjasky’ego był rok 2004, gdy zdominował on rywalizację w World GP, wygrywając siedem z ośmiu swoich walk (jedyna porażka z kończącym karierę Francisco Filho). W Finale K-1 WGP broniący tytułu Holender pokonał Ernesto Hoosta oraz eks-boksera Francois Bothę i o tytuł zmierzył się – w powtórce finału sprzed roku – z Musashim. Walka ta przeszła do historii K-1 jako najdłuższy (trzy regulaminowe rundy + dwie dogrywkowe), a zarazem najbardziej kontrowersyjny finał cyklu World GP. Już w pierwszej rundzie Holender posłał na deski Japończyka, a w dwóch kolejnych kontrolował przebieg walki, co zdaniem wielu obserwatorów i komentatorów wystarczało w zupełności do wyłonienia zwycięzcy. Jednak dwóch z trzech sędziów (wszyscy Japończycy) orzekło remis. Zgodnie z regulaminem została zarządzona dodatkowa runda. Bonjasky jeszcze bardziej zaznaczył w niej swoją przewagę, wypunktowując Musashiego, jednak ci sami dwaj sędziowie ponownie przyznali remis. Druga dodatkowa runda przyniosła w końcu rozstrzygnięcie – Bonjasky obronił tytuł jednogłośną decyzją. Wydarzenia te sprowadziły na K-1 falę krytyki i zarzuty nieobiektywności sędziów oraz sprowokowały w mediach dyskusję nad faworyzowaniem przez K-1 japońskich zawodników. Sam Bonjasky i jego trener dyplomatycznie stwierdzili, że sędziowanie było "dziwne".