W następnym roku stracił mistrzostwo, przegrywając, podobnie jak w 2005 roku, w półfinale Finału World GP 2009 z Semmym Schiltem. Mimo że udało mu się w pierwszych sekundach walki posłać rywala na deski lewym sierpowym, wkrótce potem sam dwukrotnie zanotował nokdaun, przegrywając zgodnie z regulaminem przez automatyczny nokaut. Problemy zdrowotne Bonjasky cierpi na rozszczepienie siatkówki prawego oka. Pierwszą operację przeszedł w 2001 roku, a kolejne w 2003 i 2008. Na początku 2010 roku po jednym ze sparingów kontuzja odnowiła się. W sierpniu zawodnik przeszedł czwartą operację. Spowodowało to zawieszenie przez niego kariery i nieobecność na ringu w całym sezonie 2010.
Styl walki Remy Bonjasky uznawany jest za jednego z najbardziej widowiskowo walczących zawodników, a zarazem za posiadacza najlepszych umiejętności defensywnych w K-1. Jego największymi atutami są: szczelna garda, walka w klinczu, ciosy kolanami oraz wysokie kopnięcia. Popisowymi technikami Bonjasky’ego są kopnięcie kolanem z wyskoku, czyli tzw. latające kolano (ang. flying knee) oraz kopnięcie okrężne z wyskoku, czyli tzw. latające kopnięcie (ang. flying kick), którymi znokautował m.in.