W 1933 roku otrzymał zakaz malowania i wystawiania swych dzieł, powodem było żydowskie pochodzenie. Z tego powodu rozpoczął pracę jako nauczyciel rysunku w żydowskim gimnazjum Jawne w Kolonii. W 1939 roku udało mu się wraz z żoną Elsą, również graficzką i malarką, wyjechać do Londynu. W latach 1940–1941 Meidner był internowany jako „wrogi obcokrajowiec” na Wyspie Man. Po zakończeniu wojny, w 1953 roku, wrócił do Niemiec. Zamieszkał w żydowskim domu opieki we Frankfurcie, potem w Marxheim im Taunus, a ostatnie 3 lata życia spędził w Darmstadt.
Ludwig Meidner pozostawił po sobie ogromne ilości obrazów olejnych, rysunków oraz grafik. Obecnie znajdują się one w Archiwum Ludwiga Meidnera w Muzeum Żydowskim we Frankfurcie oraz w kolekcjach prywatnych. Dopiero w latach 80. XX w. prace Meidnera zostały docenione, a on sam uznany za jednego z głównych przedstawicieli ekspresjonizmu urbanistycznego.
W roku 2000 w jego rodzinnym mieście została odsłonięta tablica dwujęzyczna upamiętniająca jego osobę, zawieszona na ścianie budynku znajdującego się po przeciwnej stronie ulicy, co jego dom (budynek, w którym mieszkał Ludwig Meidner,