Zbrodni ponownie dokonało Sipo z Tarnopola. 17 lutego 1942 – zabicie kilkudziesięciu Żydów czerwiec 1942 – zabicie 600 Żydów 21 i 22 września 1942 (Jom Kipur) – pierwszy transport ponad 1000 Żydów do obozu zagłady w Bełżcu. Akcję przeprowadziło tarnopolskie Sipo przy pomocy ukraińskiej policji. 31 października 1942 – drugi transport ponad 1000 osób do Bełżca. 4 grudnia 1942 (pierwszy dzień Chanuki) – transport 1,2-1,5 tys. Żydów do Bełżca. marzec-pocz. kwietnia 1943 – obława na przebywających jeszcze w getcie trwająca 3 dni. Część ze schwytanych wysłano do obozów pracy, część (200-300 osób) rozstrzelano na starym żydowskim cmentarzu na wzgórzu Okopisko. 12 czerwca 1943 (święto Szawuot) – rozstrzelanie ostatnich 1,4 tys. Żydów na cmentarzu Okopisko. Akcją dowodził SS-Scharführer Willi Herrmann.
Najwyższe szacunki żydowskich ofiar w Brzeżanach wynoszą 16,6 tys., jednak autorzy encyklopedii „Holocaust w ZSRR” oceniają, że bliska rzeczywistości jest liczba 5,5-6,5 tysiąca. Według prof. Shimona Redlicha na początku niemieckiej okupacji (lato 1941) w Brzeżanach mieszkało ok. 10 tys. Żydów, wliczając uciekinierów.