Dalej pełnił funkcję przewodniczącego w zborze kętrzyńskim i opiekował się nim, lecz obowiązki te na miejscu wypełniał jego zastępca na stanowisku przewodniczącego, Henryk Jakubowski.
Nowym przewodniczącym zboru został w 1966 Józef Sikora. W tym okresie jednostka posiadała placówki filialne w Biskupcu, Giżycku, Gołdapi, Kandytach, Korszach i Węgorzewie, co czyniło ją najprężniej działającym zborem kościoła na terenie Mazur. Chrzty nowych członków odbywały się w kaplicy baptystów, w której dawna mykwa pełniła funkcję baptysterium.
Kryzys we wspólnocie i zahamowanie rozwoju Końcem lat 60. XX wieku do zboru dotarły idee Ruchu Williama Branhama. W 1968 Józef Sikora, pracujący uprzednio na stanowisku kierownika podległej zborowi placówki w Biskupcu i opiekuna młodzieży, przyjął powtórny chrzest udzielony przez branhamistów. Propagował on nowe wyznanie na spotkaniach młodzieżowych i w tajemnicy ochrzcił kilkanaście osób, co spowodowało zainteresowanie się sprawą Sikory przez Radę Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego, która wzywała go na swoje posiedzenie i upominała, a 3 września 1969 uchwaliła wyłączanie ze struktur kościoła osób chrzczących i ochrzczonych powtórnie, którzy nie będą żałowali swojego postępku.