Coda W marcu 1999 Williams trafił do szpitala w Las Vegas ze względu na niedomagania oddechowe. 29 tego samego miesiąca został znaleziony martwy na ulicy niedaleko swojego domu. Kilka godzin przed odnalezieniem jego ciała, szpital zgłosił zaginięcie pacjenta i policja wszczęła poszukiwania. W oficjalnym komunikacie podano, że Williams samowolnie opuścił szpital i zmarł w drodze do domu. Wedle oświadczenia koronera Williams zmarł z przyczyn naturalnych„The New York Times” – Joe Williams, Jazz Singer of Soulful Tone and Timing, Is Dead at 80 [dostęp 2011-09-03]. Został pochowany w Palm Valley View Memorial Park w Las Vegas.
Fundacja Kilka lat przed śmiercią Joe Williams wraz z żoną, Jillean, oraz kilkorgiem przyjaciół i najbliższych współpracowników założył fundację, której celem jest wspieranie muzyki i muzyków – zwłaszcza jazzowych – oraz umożliwianie podejmowania kariery zasługującemu na pomoc młodemu talentowi. The Joe Williams Every Day Foundation [dostęp 2011-09-03] ma charakter non-profit i m.in.