Ciosem dla parafii okazał się konflikt graniczny o Śląsk Cieszyński między Czechosłowacją a Polską, których skutkiem było rozdzielenie terytorium parafii granicą państwową w 1920. Siedziba parafii znalazła się po stronie polskiej, a ponad połowa zborowników po stronie czechosłowackiej. W 1918 w Cieszynie został powołany seniorat, któremu podlegały wszystkie parafie Śląska Cieszyńskiego do 1920, kiedy to nastąpiło przekazanie zborów pod administrację Konsystorza Ewangelicko-Augsburskiego w Warszawie na skutek starań ks. Franciszka Michejdy i Rady Narodowej Księstwa Cieszyńskiego. W 1936 seniorat w Cieszynie przemianowano na diecezję cieszyńską, która w takiej postaci przetrwała do dziś. Kościół ewangelicko-augsburski (tak jak wszystkie inne wyznania niekatolickie) nie miał pełni praw w II Rzeczypospolitej.
II wojna światowa miała dla ewangelików tragiczne następstwa. W PRL-u miejscowi ewangelicy byli zaledwie tolerowani;