Przed rokiem 1603 w mieście istniał już szpital. W 1603 Król polski Zygmunt III Waza darował mu jeden łan roli, zwany łanem wachowskim, znajdujący się na obszarze przyległej Nowej Wsi, gdzie prócz tego szpital miał także inne posiadłości w tym ogród, łąk i półłanek roli. Został on uposaży również w odsetki od 60 grzywien, zapisanych na majętności jabłonowskiej Andrzeja Przecławskiego. W 1641 wizytacja kościelna w Ujściu odnotowała istnienie szkoły kościelnej. Od roku 1619 w mieście działało Bractwo Świętej Anny.
W czasie potopu szwedzkiego w lipcu 1655 pod miastem stanęło wojsko szwedzkie Karola Gustawa. W dniu 25 lipca odbyła się pod Ujściem bitwa, w której starła się piętnastotysięczna armia pospolitego ruszenia szlachty wielkopolskiej pod dowództwem wojewody poznańskiego Krzysztofa Opalińskiego oraz wojewody kaliskiego Andrzeja Karola Grudzińskiego poddała Wielkopolskę siedemnastotysięcznej armii szwedzkiej.