Jednak sąd Synodu tworzony przez metropolitów moskiewskiego Tymoteusza i nowogrodzkiego Dymitra, arcybiskupów krutickiego Ambrożego i petersburskiego Gabriela, biskupów pskowskiego Gedeona i twerskiego Atanazego oraz archimandrytę Monasteru Nowospasskiego pozbawił go święceń kapłańskich, zabronił korzystać z atramentu i papieru oraz skazał na zesłanie do odległego monasteru. Katarzyna II, chcąc utrwalić swój wizerunek łaskawej władczyni, zrewidowała wyrok w zakresie pozbawienia święceń kapłańskich. Arseniusz (Maciejewicz) został osadzony w Monasterze Terapontowski, następnie przeniesiony do monasteru św. Mikołaja w Korelii k. ArchangielskaАРСЕНИЙ, wreszcie do skitu Trójcy Świętej na wyspie Anzerskiej.
W 1767, po doniesieniu, iż uwięziony Arseniusz oskarża ją o bezprawne zajmowanie tronu (z racji cudzoziemskiego pochodzenia), Katarzyna II nakazała pozbawić go święceń kapłańskich i przewieźć do twierdzy w Rewlu jako Andrzeja Kłamcę. Duchownego wyłączono także ze stanu mniszego. Zmarł w więzieniu w 1772. Prawdopodobnie został pochowany w cerkwi św. Mikołaja w Tallinniemetropolita Korneliusz, W. Siłowjew, W. Wołochonski, S. Glinkale, W. Iljaszewicz, I. Łapszyn, S. Miannik, J. Sieliwierstowa, F.