Później poświęcił się poematom biograficznym, opisującym współczesnych sobie bohaterów. Z tego nurtu pochodzi wydany w 1649 poemat Władysław IV, król polski i szwedzki, czy wreszcie obszerna i czasem nazywana epopeją narodową Woyna domowa Z-Kozaki i Tatary wydawana etapami w latach sześćdziesiątych w całości w 1681. Pisywał także różnej wartości panegiryki (np. Pałac Leszczyński, poematy epitalamijne) i utwory publicystyczno-polityczne (np. Satyr na twarz Rzeczypospolitej, utwór podejmujący wzorzec "poematu satyrowego" Jana Kochanowskiego).
W roku 1655 wydał swoje najważniejsze dzieło, znów oparte na motywach mitologicznych, poemat Nadobna Paskwalina. Jak wcześniejsza Daphnis opisuje on historię nieszczęśliwej miłości, o ile jednak pierwsza kończy nieszczęśliwie, o tyle w drugiej bohaterce udaje się przezwyciężyć własne pragnienia i odnaleźć spokój w świątyni Junony, patronki matron. Nadobna Paskwalina oparta została na zaginionym dzisiaj tekście hiszpańskim. Twardowski swobodnie powiązał tu mitologie antyczną i wyobraźnię chrześcijańską, realne miejsca (akcja w Lizbonie) i antycznych bohaterów (Wenus, Mars, skruszony Apollo) obok zwykłych śmiertelników (piękna Paskwalina), tworząc nadrealny klimat opowieści o zazdrości, namiętności, także o psychicznym przeobrażeniu i – przez motyw drogi oddanym – doświadczeniu duchowym.