W 1938 rozpoczął nauczanie języków klasycznych w Niższym Seminarium Duchownym w klasztorze franciszkanów w Kobylinie.
Niemcy w grudniu 1939 nakazali mu przeniesienie się do Generalnego Gubernatorstwa. Zatrzymał się w klasztorze franciszkanów w Radomiu, gdzie uczył kleryków łaciny i greki. Nauczał też młodzież na tajnych kompletach. Zatrzymany przez niemieckie władze okupacyjne, został osadzony na Pawiaku w Warszawie w grudniu 1941. W lipcu roku następnego przeniesiono go do Radomia. We wrześniu 1942 osadzono go w KL Auschwitz, nr obozowy 63662. W lipcu 1944 przewieziono go do Buchenwaldu, gdzie trafił do podobozu Harzungen. Opuścił go 8 maja 1945, już po wyzwoleniu przez Amerykanów.
Po powrocie do Polski o. Czyż podjął znów nauczanie języków klasycznych w niższym seminarium franciszkanów w Nysie oraz angielskiego w Państwowym Gimnazjum Koedukacyjnym w Nysie. W latach 1950–1952 pracował w niższym seminarium franciszkanów przy klasztorze w Jarocinie. Gdy seminarium zostało zamknięte przez władze państwowe, został wykładowcą w seminarium duchownym swojej macierzystej prowincji zakonnej w klasztorze w Opolu, gdzie mieszkał od 1951 do 1955. Gdy zezwolono na otwarcie niższego seminarium prowincji przy klasztorze w Kobylinie, został jego pierwszym rektorem. O. Czyż tłumaczył i wydawał książki religijne.