W okresie powojennym powołano Radę Starszych, przy zborze założono stoisko z literaturą chrześcijańską i bibliotekę, stworzono szkółkę niedzielną oraz grupę młodzieżową, a także chór, którym przez lata dyrygował Włodzimierz Jówko. W roku 1965 pod kierownictwem Daniela Ingielewicza utworzono zespół mandolinistów.
Wobec niemożności odzyskania przedwojennych nieruchomości czyniono starania o pozyskanie własnego obiektu. W roku 1976 zbór otrzymał zgodę na rozpoczęcie budowy własnego obiektu. Rok później powołano komitet budowy na czele z przełożonym zboru Janem Tołopiło i członkami: Jerzym Bryszkiewiczem, Andrzejem Szymańskim, Hieronimem Jankowskim i Januszem Zwierzchowskim. Działkę pod budowę pozyskano jednak dopiero w roku 1980. Uroczyste otwarcie nowego obiektu kościelnego dokonane w obecności władz Kościoła i miasta nastąpiło w 1987 roku.
W roku 1983 pierwszym pełnoetatowym duszpasterzem elbląskiego zboru został pastor Janusz Zwierzchowski. Zainicjował szeroko zakrojoną pracę ewangelizacyjną w niestosowanej wcześniej formie (koncerty muzyczne, projekcje filmów). W latach 1989–2003 jego następcą został pastor Mirosław Szachiewicz. Pod jego kierownictwem zbór prowadził m.in.