26 lipca 1976 otrzymał nominację na pomocniczego biskupa Scranton ze stolicą tytularną Gunugus. Sakry udzielił zwierzchnik diecezji bp Joseph Carroll McCormick. Jako sufragan został również wikariuszem generalnym i proboszczem parafii Narodzenia Pańskiego. 24 kwietnia 1984 roku został ordynariuszem rodzinnej diecezji. Był pierwszym rdzennym duchownym w historii diecezji, który został jej pasterzem. Podczas swego pasterzowania zaangażował się m.in. w zwołanie synodu diecezjalnego, przeprowadził restrukturyzację parafii z powodu braku kapłanów, a także wprowadził nową politykę organizacyjną dla sieci szkół katolickich. Na emeryturę przeszedł w roku 2003. Od lipca 2004 sprawuje funkcję rektora Domu Księdza Emeryta w Dunmore, Pensylwania.
Bp Timlin jest jednym z najbardziej konserwatywnych biskupów amerykańskich. Znany jest ze swego zamiłowania do liturgii przedsoborowej. W roku 1997 zezwolił na założenie w obrębie swej diecezji Bractwa św. Jana, które kultywowało sprawowanie liturgii klasycznej. Wspiera również Bractwo Kapłańskie Świętego Piotra, które od kilkunastu lat posiada swoje seminarium na terenie USA w Denton w stanie Nebraska.