W tym czasie, 1 października Zachodnia Flotylla została włączona w skład Marynarki USA jako Eskadra Missisipi.
Od 8 maja do 8 lipca 1863 roku USS „Essex” brał udział w oblężeniu Port Hudson nad Missisipi w stanie Luizjana, zakończonego kapitulacją konfederatów. 9 lipca „Essex” został uszkodzony w walce pod Donaldsonville. Mimo to, pełnił służbę patrolową na rzece do początku 1864 roku.
USS „Essex” wziął następnie udział w początkowej fazie ekspedycji na Red River, wpływając tam z siłami floty 6 marca 1864 roku i uczestnicząc w zdobyciu Fort de Russy 15-16 marca. Jednakże, z powodu zbyt dużego zanurzenia, nie brał udziału w dalszej części ekspedycji i 17 kwietnia zawrócił do Vicksburga (ekspedycja pozostałych sił prawie że zakończyła się utratą okrętów na płyciznach Red River). 4 maja 1864 roku „Essex” przebazował do Memphis, gdzie pozostał jako jednostka strażnicza do końca wojny. 27 kwietnia 1865 roku łodzie „Essexa” pomagały uratować 60 rozbitków ze statku „Sultana”, zniszczonego w wybuchu kotła.
„Essex” został wycofany ze służby po wojnie 20 lipca 1865 roku w Mound City, po czym został sprzedany 29 listopada tego roku za 4000 dolarów.