(1994) i Greetings from Skamania (1996). Ostatnią płytą The Skatalites, na której można usłyszeć jego grę, jest nagrywana w marcu 1997 roku, a wydana rok później przez Island Records Ball of Fire, zawierająca covery największych przebojów zespołu z lat 60.
W maju 1998 roku na niewydolność serca będącą skutkiem powikłań po ciężkim zapaleniu płuc zmarł McCook. Już bez niego, 2 listopada The Skatalites grali koncert w hollywoodzkim Key Clubie. Występ przerwało nagle omdlenie Alphonso, który przewrócił się na scenę tuż po tym, jak skończył grać swoją solową partię w drugim tego wieczora utworze grupy. Jak się okazało, stracił przytomność wskutek wylewu krwi do mózgu. Został natychmiast przetransportowany do specjalistycznego szpitala Cedars-Sinai Medical Center w Los Angeles, gdzie jego stan zdawał się poprawiać. Niespodziewanie, 17 listopada doznał jednak drugiego wylewu i po czterech dniach spędzonych w śpiączce, rodzina zadecydowała o odłączeniu go od aparatury podtrzymującej życie. Pozostawił żonę Hermine (byli małżeństwem od roku 1960) oraz szóstkę dzieci: Noela, Dennisa, Barry’ego, Rolando Jr.-a, Pauline i Michelle. Jego pogrzeb odbył się 27 listopada na lokalnym cmentarzu na Brooklynie.