W latach 1642–1645 powstał w Nowym Amsterdamie pierwszy murowany zbór kalwiński z polecenia ówczesnego dyrektora Willema Kiefta i była to przez długi czas jedyna świątynia w osadzie, ponieważ katolicy, luteranie, kwakrowie i żydzi mieli zakaz ich budowania.
Pod koniec II wojny angielsko-holenderskiej, w 1664 roku, Holendrzy przejęli kontrolę nad wyspą Run na Morzu Banda, w zamian przekazując Anglikom władzę nad Nowym Amsterdamem. Ci z kolei zmienili jego nazwę na (Nowy Jork), na cześć Jakuba II Stuarta – księcia YorkuHomberger Eric, The Historical Atlas of New York City: A Visual Celebration of 400 Years of New York City’s History, Owl Books, 2005, s. 34. .. Wojny pomiędzy plemionami indiańskimi, a także epidemie wywołane przyjazdem Europejczyków dziesiątkowały ludność Delawarów w latach 60. i 70. XVII wieku„Native Americans, Penn Treaty Museum”, w: Penn Treaty Museum [online]. [dostęp 2012-09-15].. W 1700 roku ich populacja wynosiła 5 tys. osób. W 1702 roku liczba mieszkańców Nowego Jorku zmniejszyła się o 10% w wyniku żółtej febry„Timeline of Yellow Fever in America”, w: Public Broadcasting Service [online]. [dostęp 2012-09-15].. Od tego czasu, w okresie 1702–1800, miasto nawiedziło co najmniej siedem wielkich epidemii żółtej febry„The Early History of Yellow Fever”, w: jefferson.edu.