Z tego powodu, Armia Czerwona zawarła z machnowcami porozumienie przeciwko gen. Wranglowi. Silny oddział pod dowództwem Semena Karetnykowa został wysłany na Krym aby walczyć ze wspólnym wrogiem. Bolszewicy jednak nie potrzebowali niezależnych oddziałów i po pokonaniu Wrangla 16 listopada 1920 Lew Trocki wydał rozkaz zabicia wziętych do niewoli białych oficerów, ale i również machnowców. 25 listopada 1920 podczas sojuszniczej uroczystości bolszewików i Czarnej Armii na Krymie, dowódcy anarchistów zostali aresztowani i rozstrzelani. W efekcie wymordowano ponad 50 tys. ludzi, wśród których znajdował się między innymi Semen Karetnykow.
Michaił Frunze, dowódca Frontu Południowego, wydał rozkaz rozformowania pozostałych oddziałów Rewolucyjnej Powstańczej Armii i włączenia żołnierzy do zapasowych oddziałów sowieckich. Frunze ogłosił również Nestora Machnę oraz jego ludzi „wrogami ludu" i nakazał bezwzględnie ich rozbroić. Była to część działań mających na celu likwidację niezależnych ośrodków politycznych i wojsk, które pozostały jeszcze w bolszewickiej strefie wpływów. 26 listopada 1920 Czeka aresztowała w Charkowie ukraińskich anarchistów z federacji Nabat. Tego samego dnia Armia Czerwona zaatakowała Hulajpołe po raz trzeci i zniszczyły odbudowane anarchistyczne komuny.