Lockwood został przeniesiony do Pearl Harbor, by objąć jego stanowisko (Commander, Submarines, Pacific Fleet – COMSUBPAC), które sprawował aż do końca wojny. W październiku 1943 roku awansował do stopnia wiceadmirała (Vice Admiral). left|thumb|USS „Wahoo” (SS-238) typu Gato, jeden z najsłynniejszych amerykańskich okrętów podwodnych wojny na Pacyfiku. Należał do dowodzonej przez admirała Lockwooda grupy okrętów operujących z Pearl Harbor. Jako dowódca okrętów podwodnych w wojnie na Pacyfiku, admirał Lockwood wprowadził szereg innowacji do taktyki działań podległych sobie jednostek, zwiększając znacząco ich efektywność. Charles Lockwood sprawował kontrolę nad wycofywaniem z użytku bojowego okrętów starych typów serii S i zastępowaniem ich nowo budowanymi w kontynentalnych stoczniach okrętami podwodnymi typów Gato, Balao i Tench. Admirał odegrał też kluczową rolę w rozwiązaniu istniejącego aż do końca 1943 roku problemu wadliwie funkcjonujących torped, który w międzyczasie urósł do rozmiarów - jak nazwano to po wojnie – Wielkiego Skandalu Torpedowego. Za pomocą przeprowadzonych nieoficjalnie testów torped, dowiódł wadliwości konstrukcji amerykańskich torped, które w tym czasie często przechodziły zbyt głęboko pod celem, nie detonowały przy uderzeniu w cel, lub detonowały zbyt szybko.