Następnym kryzysem w historii berlińskiego metra była budowa w 1961 Muru Berlińskiego, dzielącego miasto na część zachodnią i wschodnią. Także obecna linia U2 uległa na wiele lat podziałowi na dwie części. Linie północ-południe, zaczynające się i kończące w zachodnim Berlinie przejeżdżały natomiast pod wschodnią częścią miasta bez zatrzymania. Jedynie stacja Friedrichstraße (U6) była stacją, gdzie zatrzymywały się wagony metra. Friedrichstraße było przejściem granicznym i było pilnie chronione przez wojsko.
Podczas zimnej wojny sieć metra w Berlinie Zachodnim została silnie rozbudowana. Linia U9, objeżdżająca łukiem wschodnie dzielnice, została otwarta dwa tygodnie po budowie muru, linia U7 (korzystająca z krótkiego starego odcinka) połączyła peryferyjne dzielnice Rudow i Spandau. Także U6 (dawniej zwana linią północ-południe) oraz U8 (dawniej GN) zostały przedłużone. We wschodnim Berlinie przedłużono jedynie linię E (obecnie U5) do Hönow, mimo że istniały obszerne plany rozbudowy.
Po upadku muru połączono przerwaną linię i otwarto ponownie stacje przejeżdżane wcześniej bez zatrzymania. Niektóre linie zostały przedłużone, przede wszystkim, by stworzyć lepsze możliwości przesiadki do sieci S-Bahn.