Pozostali udali się do kościoła św. Mikołaja w Gdańsku, gdzie dokończyli zjazd. Na początku 1989 ukazał się pierwszy (i zarazem ostatni) numer pisma MA „Pet w maśle”, który poprzedził wydawany później „Biuletyn Federacji MA” oraz „Biuletyn Informacyjny Federacji Anarchistycznej”.

W czerwcu 1989 w Dobrzeniu Wielkim odbył się II zjazd Międzymiastówki Anarchistycznej. W trakcie spotkania miano zastanawiać się nad kształtem organizacyjnym ruchu anarchistycznego. Organizatorzy zjazdu zaproponowali stworzenie federacji grup anarchistycznych. Chciano w ten sposób m.in. zapobiec chaosowi informacyjnemu wynikającemu z istnienia wielu różnych grup w ramach ruchu. Organizatorzy proponowali również przyjęcie wspólnej deklaracji ideowej, co ich zdaniem doprowadziłoby do konsolidacji środowiska. Większość zgromadzonych opowiedziała się za przekształceniem MA w bardziej sformalizowaną strukturę. Pojawiły się też głosy sprzeciwu. Przykładowo Zbigniew Sajnóg z Totartu wystosował list do zebranych, w którym proponował, by pozostać przy koncepcji Międzymiastówki jako luźnej sieci kontaktów między anarchistami. Ostatecznie doszło jednak do przekształcenia Międzymiastówki w Federację Międzymiastówki Anarchistycznej.