Sekcje Na przełomie XX i XXI wieku do FA należało kilkanaście sekcji z całego kraju, m.in. z Gdańska, Krakowa, Warszawy, Poznania, Wrocławia, Kielc, Łodzi, Lublina, Sochaczewa, Słupska i Koszalina. W latach 1989–1998 w Federacji Anarchistycznej działała także, bliska libertarianizmowi, katowicka grupa „An Arche”.
Obecnie Federacja Anarchistyczna składa się z następujących sekcji:
FA Czestochowa – Autonomiczna Grupa Anarchistyczna FA Kraków, FA Łódź – Czarny Sztandar, FA Poznań, FA Rzeszów, FA Śląsk, FA Wrocław
oraz „kontaktów” (mniejszych grup, mających docelowo stać się sekcjami):
FA Bydgoszcz, FA Gniezno, FA Konin, FA Leszno, FA Lublin, FA Nowy Sącz, FA Ostrów Wielkopolski, FA Szczecin, FA Zielona Góra
Obecnie Federacja Anarchistyczna nie działa w Warszawie, odkąd tamtejsza sekcja ogłosiła, że odchodzi z Federacji w październiku 2021.
Zjazdy Zjazdy są ważnym elementem funkcjonowania Federacji Anarchistycznej i „najistotniejszym przejawem działalności struktur anarchistycznych na forum ogólnokrajowym”. Zjazdy zazwyczaj kończyły się wydaniem rezolucjiZob. . Podczas obrad VIII zjazdu FA, który odbył się w czerwcu 1992 w Warszawie, uchwalona została deklaracja ideowa Federacji Anarchistycznej o nazwie „Płaszczyzna Większościowa”Zob.