Historia Ninjutsu zostało stworzone przez grupę ludzi, głównie z prowincji Iga oraz miasta Kōka, w prefekturze Shiga w Japonii. Przez całe swoje istnienie shinobi używający ninjutsu byli postrzegani jako zabójcy, zwiadowcy i szpiedzy. Ninjutsu widziane było głównie przez pryzmat działania w ukryciu i używania podstępów. W powszechnym wyobrażeniu shinobi łączeni byli z działalnością postrzeganą dzisiaj jako przestępcza.
W czasie swojego działania, wiele różnych szkół (ryū) wypracowało własne odmiany ninjutsu.
Przykładem powstania takiej ryū może być Togakure-ryū. Ta ryū powstała po tym, jak pokonany samurajski wojownik Daisuke Togakure uciekł do regionu Iga. Poznał on mnicha-wojownika Kaina Doshi, który wskazał mu nowy sposób postrzegania życia oraz techniki ninjutsu.
Ninjutsu powstało jako zbiór fundamentalnych metod przetrwania, przydatnych w niebezpiecznych regionach feudalnej Japonii. Shinobi używali swoich umiejętności, aby zwiększyć swoje szanse na przetrwanie w groźnych czasach politycznego zamętu. Ninjutsu zawierało w sobie także metody zbierania informacji i techniki pozostawania niewykrytym oraz mylenia tropów.