W 2000 roku Fogarty w pierwszych trzech wyścigach dwukrotnie dojechał do mety w pierwszej trójce. Podczas drugiego startu na australijskim torze Phillip Island Carl nie zdołał wyhamować i uderzył w motocykl Robeta Ulma. Upadek Brytyjczyka był na tyle niefortunny, iż nie był w stanie zejść z toru o własnych siłach. Doznał licznych obrażeń, w tym poważny uraz barku. Niezdolny do ścigania „Foggy” był zmuszony zakończyć karierę sportową. Jego miejsce zajął Australijczyk Troy Bayliss, który rok później został mistrzem świata. W 2002 roku w ramach wdzięczności Ducati limitowaną wersję swojego motocykla (zaledwie 300 egzemplarzy) o nazwie Fogarty S4.
Prowadzenie własnego zespołu w WSBK W 2002 roku Carl utworzył własny zespół Foggy Petronas, który wystartował w mistrzostwach sezon później. Jego zawodnikami został były rywal Fogarty’ego Troy Corser oraz jego rodak James Haydon. W pierwszym sezonie motocykl Petronas FP1 okazał się za słaby na regularną wizytę w czołowej dziesiątce. Zdecydowanie lepszy okazał się rok 2004, w którym Troy dwukrotnie sięgnął po pole position (w Niemczech oraz Francji), natomiast nowy partner Australijczyka Chris Walker stanął na najniższym stopniu podium w inauguracyjnym wyścigu w Walencji.