Od założenia do początku lat 90. linia była narodowym przewoźnikiem i państwowym przedsiębiorstwem Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich (ZSRR). W tym okresie Aerofłot powiększył swoją flotę do ponad pięciu tysięcy wyprodukowanych w ZSRR samolotów i otworzył krajową i międzynarodową sieć lotów, obejmującą ponad trzy tysiące miejsc docelowych, dzięki czemu w danym okresie był największą linią lotniczą na świecie. Oprócz lotów komercyjnych Aerofłot zobowiązał się również do wykonywania lotów towarowych i służenia państwu poprzez pomoc wojsku. Z powodu posiadania ogromnej floty samolotów, linia miała o wiele więcej wypadków i katastrof niż konkurencja, przez co reputacja przewoźnika była na bardzo niskim poziomie.
Po rozpadzie ZSRR, przewoźnik został przekształcony w otwartą spółkę akcyjną i rozpoczął radykalny proces transformacji, drastycznie zmniejszając swoją flotę, jednocześnie kupując samoloty z zachodu i nowsze modele samolotów krajowych. Aerofłot skupił się głównie na rynku międzynarodowym.