W lipcu 2010 Hernández udał się na roczne wypożyczenie do klubu Puebla FC, gdzie jednak był wyłącznie rezerwowym dla Alexandro Álvareza i nie osiągnął większych sukcesów. Po powrocie do Jaguares wywalczył sobie niepodważalne miejsce w składzie i pierwszym golkiperem ekipy pozostawał przez kolejne dwa lata; bezpośrednio po tym wraz z resztą drużyny przeniósł się do zespołu Querétaro FC, który wykupił licencję jego dotychczasowego klubu. Tam przez pierwsze półtora roku również pełnił rolę podstawowego bramkarza, po czym stracił miejsce w bramce na rzecz Tiago Volpiego. W roli rezerwowego wywalczył tytuł wicemistrza kraju w wiosennym sezonie Clausura 2015. Podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2016 triumfował natomiast w rozgrywkach pucharu Meksyku – Copa MX.