Początkowo aparatem pomocniczym komisji były Kancelaria Ogólna i Wydział Spraw Ogólnych i PrzygotowawczychPrace T. Rady Stanu, M.P. Nr 41 z 9.IV.1918 r.. W skład tego Wydziału wchodziły Referat Spraw Przygotowawczych, Referat Spraw Bieżących, Referat Wychowania Wojskowego, Referat Statystyczno-Ewidencyjny, Referat Słownictwa Wojskowego oraz biblioteka.
Po reorganizacji przeprowadzonej przez Ludwika Górskiego w lipcu 1917 r., w skład Komisji wchodziły Sekretariat Generalny, Wydział Studiów nad Wojskowością Polską, Wydział Propagandy i Prasy, Wydział Przemysłu Wojennego i Wydział Opieki Wojennej.
Po reorganizacji w styczniu 1918 r. w skład Komisji Wojskowej wchodziły Sekcja Centralna, Sekcja Techniczna, Sekcja Opieki, Sekcja Naukowa oraz Instytut Geograficzno-Mierniczy.
Rozporządzeniem kierownika Ministerstwa Spraw Wojskowych z dnia 22 listopada 1918 r. była Sekcja Naukowa została podporządkowana Sztabowi Generalnemu - oddziałowi VIIDz. Rozp. MSWojsk nr 9, poz. 205 - .