Trzeci rok nauki (wrzesień 1993 do czerwca 1994) Pottera zaczął nauczać Remus Lupin, jeden z „Huncwotów” i przyjaciel jego zmarłego ojca. Od niego Potter nauczył się m.in. zaklęcia Patronusa, przeciw dementorom, którzy wysysali szczęście z ludzi oraz na których działanie chłopiec był podatny bardziej niż inni. Harry poznał również swojego ojca chrzestnego, Syriusza Blacka oraz historię jego „zdrady”. Pod koniec roku poznał drugą przepowiednię Trelawney:
oraz prawdę o szczurze Rona – Peterze Pettigrew. Wraz z Hermioną cofnął się w czasie. Przepędził setki dementorów zaklęciem Patronusa w postaci cielesnego jelenia od siebie i Syriusza. Także uratował przed śmiercią hipogryfa Hardodzioba. na którym Syriusz uciekł. Podczas roku szkolnego Harry otrzymał od Blacka „Błyskawicę” – najszybszą miotłę świata, która służyła mu podczas meczów w quidditcha.