W nosowej części kadłuba umieszczono radiolokacyjną stację meteorologiczną „Groza”.
Seryjną produkcję rozpoczęto w roku 1968 i wyprodukowano ogółem 1011 egzemplarzy, w tym 125 na eksport.
Eksploatacja Po upadku dawnego Aerofłotu duża część została przebudowana z typowych samolotów pasażerskich na bardziej luksusowe i są one teraz używane jako samoloty prywatne lub do podróży służbowych (w tym w Polsce dla prezydenta, premiera oraz marszałków Sejmu i Senatu w latach 1973–2011). Samoloty te (początkowo 4) były na stanie 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego, który w roku 2011 rozwiązanolotnictwo cywilne . Jak-40 zakupiony w 1972 roku dla Ministerstwa Przemysłu Maszynowego był pierwszym odrzutowym samolotem dyspozycyjnym w Polsce.
W roku 2006 rządowy samolot Jak-40, lecąc z premierem na pokładzie na trasie Kraków-Warszawa, doznał awarii polegającej na zablokowaniu dźwigni sterowania ciągiem silników w pozycji do lotu z prędkością przelotową. Pilot wiedział o usterce, ale nie zawiadomił służb ratowniczych na Okęciu. Udało się jednak wylądować w Warszawie, dzięki dużemu doświadczeniu dowódcy.