Na wiosnę 1946 r. nasiliły się walki między KWP a stale rosnącą w siłę bezpieką. W nocy z 19 na 20 kwietnia oddział Jana Rogólki ps. „Grot” opanował chwilowo Radomsko i uwolnił 57 aresztowanych z więzienia UB. Dzień później 200-osobową grupę pościgową KBW rozbił w kompleksie leśnym Graby 40-osobowy oddział Henryka Glapińskiego ps. „Klinga”.
Ostatecznie został aresztowany wraz z całym dowództwem organizacji na skutek zdrady jednego z podkomendnych przez UB 27 czerwca 1946 w Częstochowie na posesji przy ulicy Wręczyckiej 11, gdzie się ukrywał.
Wkrótce po tym rozbite zostały struktury KWP w województwie śląskim. Organizacja nie zaprzestała jednak działalności (szefem II Komendy został Jerzy Jasiński ps. „Janusz”), ale nie odzyskała już pierwotnego zasięgu. Do rozpracowania kierownictwa organizacji przygotowano prowokację, w ramach której Zygmunt Lercel z UB wcielił się w przysłanego z Londynu następcę „Warszyca”. Na początku 1947 r. UB aresztowało część dowództwa KWP, w marcu z amnestii skorzystał Wiesław Janusiak ps. „Prawdzic” (szef pionu SOS odpowiedzialnego za ochronę społeczeństwa), a z nim wyszło z podziemia paruset żołnierzy KWP. 9 listopada 1948 r. aresztowany został kolejny szef organizacji – Jan Małolepszy ps. „Murat”, niedługo po tym zamordowany w więzieniu.