Pod koniec roku grupa wystąpiła w Japonii, na Tajwanie oraz w Singapurze. Wkrótce potem skład opuścił Matti „Dominion” Mäkelä, którego rok później zastąpił Bo „Chaq Mol” Karlsson. Pierwszy koncert w odnowionym składzie odbył się na Wacken Open Air 2003 w Niemczech. Następnie formacja występowała w Brazylii, Chile i Kolumbii. Kilka z koncertów zostało zarejestrowanych na potrzeby wydawnictwa koncertowego. Na początku roku muzycy podpisali kontrakt z Regain Records. Album ukazał się 19 kwietnia tego samego roku ukazał się koncertowy album zatytułowany De Profundis Clamavi Ad Te Domine. Natomiast latem grupa dała szereg koncertów podczas festiwali, w tym: Party San Festival, Tuska Open Air czy Nordic Rage Festival.
W grudniu 2004 roku zespół wystąpił w Izraelu, a następnie w Rosji oraz Ukrainie. 24 października 2005 ponownie dzięki Regain Records ukazał się czwarty album Dark Funeral pt. Attera Totus Sanctus. Podczas sesji partie gitary basowej zarejestrował Gustaf Hielm, muzyk związany poprzednio z formacją Meshuggah. Z kolei jako koncertowy basista do grupy dołączył Bennie „B-Force” Fors. Cieszące się popularnością wydawnictwo dotarło do 35. miejsca szwedzkiej list sprzedaży. W lutym 2006 roku Dark Funeral rozpoczął sześciotygodniową trasę po Europie pod nazwą Attera Orbis Terrarum Tour.