Już w tym samym roku decyzja o jego przeniesieniu została cofnięta i archimandryta Smaragd na nowo objął obowiązki rektora Kijowskiej Akademii Duchownej, gdzie pozostawał do 1830. Od 1830 do 1831 był natomiast rektorem Petersburskiej Akademii Duchownej.
20 września 1831 w soborze Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Petersburgu miała miejsce jego chirotonia biskupia, po której otrzymał tytuł biskupa rewelskiego, wikariusza eparchii petersburskiej. Równocześnie mianowano go przełożonym Nadmorskiej Pustelni Trójcy Świętej i św. Sergiusza. Mnogość nowych obowiązków zmusiła go do rezygnacji z pracy naukowej, chociaż do końca życia interesował się kwestiami wyższego szkolnictwa teologicznego.
W 1833 został pierwszym ordynariuszem reaktywowanej eparchii połockiej. Jego zadaniem było doprowadzenie do likwidacji unii na terenie eparchii, by miejscowi unici przeszli do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Na katedrze połockiej pozostawał do 1836;