Ochrona prawna przed dyskryminacją Ponieważ wejście do Unii Europejskiej wymagało wprowadzenia odpowiednich przepisów, Estonia przyjęła 1 maja 2004 dyrektywę zakazującą dyskryminacji w miejscu pracy z powodu orientacji seksualnej. Od 2006 Kodeks Karny zakazuje podżegania do nienawiści wobec osób homoseksualnych i biseksualnych. Prawo o równym traktowaniu, które weszło w życie 1 stycznia 2009, zakazuje dyskryminacji spowodowanej orientacją seksualną w innych dziedzinach życia, takich jak opieka zdrowotna, ubezpieczenia społeczne, edukacja oraz dostęp do towarów i usług.
Azyl Estońskie przepisy prawne nie przyznają osobom prawa do ubiegania się o azyl polityczny z powodu prześladowań przez wzgląd na orientację seksualną we własnym kraju.
Służba wojskowa Geje, lesbijki i biseksualiści nie są wykluczeni ze służby wojskowej z powodu swojej orientacji seksualnej.