W Rogowie i w Skierniewicach powstały zakłady doświadczalne.
W roku akademickim 1937/1938 SGGW jako jedna z pierwszych uczelni w Polsce wprowadziła getto ławkowe.
W okresie II wojny światowej, w czasie okupacji niemieckiej, uczelnia prowadziła tajne nauczanie, jak również zajęcia w jawnej dwuletniej Miejskiej Szkole Ogrodniczo-Rolniczej oraz w Prywatnej Szkole Rybackiej. Budynki SGGW nie zostały zniszczone; w okresie okupacji mieściły się w nich koszary dla żołnierzy niemieckich obsługujących artylerię przeciwlotniczą na Polu Mokotowskim. Wyposażenie zostało wywiezione przez Niemców do Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach i na Reichsuniversität Posen w Poznaniu. W czasie wojny Biblioteka SGGW utraciła jedynie 7% swoich zbiorów (3325 z 44 035 jednostek).
Uczelnia wznowiła działalność akademicką 15 maja 1945 roku. Na uruchomione wydziały: Rolny, Ogrodniczy i Leśny zapisało się 600 studentów.
Wkrótce nastąpił dalszy rozwój uczelni. Już w 1951 istniały wydziały: Melioracji Rolnych, Technologii Drewna, Zootechniki, później powstała sekcja kształtowania terenów zielonych, obecnie Wydział Architektury Krajobrazu.