Wraz ze swoimi podwładnymi został aresztowany w lutym 1932 r., ale kilka dni później zwolniono go. Proces jednak się odbył i 9 lipca 1932 Siemiątkowskiego skazano na 3 lata więzienia. Winnymi uznano również Karpińskiego (6 lat pozbawienia wolności) oraz innych oskarżonych (wyroki skazujące od 1 do 5 lat). Po wniesieniu apelacji karę zmniejszono mu do 2 lat więzienia z pozbawieniem praw publicznych i honorowych na okres 2 lat. Wyroku w całości jednak nie odbył, ponieważ 1 sierpnia 1935 został ułaskawiony przez Prezydenta RP Ignacego Mościckiego, z zawieszeniem wykonania kary na okres 3 lat. W 1937 r. został odznaczony Krzyżem Niepodległości, jednak z uwagi na zatajenie faktu skazania odebrano mu go 11 lipca 1939Ogłoszenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 11 lipca 1939 r. o utracie Krzyża Niepodległości ().
Po agresji III Rzeszy na Polskę rozpoczął działalność w polskim podziemiu, działał w PPS-WRN, organizując m.in. skoki na wagony z bronią na dworcach warszawskich. Wczesną jesienią 1942 r., wraz z synem Janem, został aresztowany przez Gestapo i osadzony na Pawiaku. Stamtąd w styczniu następnego roku przetransportowano go do obozu koncentracyjnego na Majdanku w Lublinie. W pierwszych dniach lutego 1944 r. zmarł na terenie obozu na tyfus plamisty.