Storno udekorował również wnętrze świątyni, w tym romańską i gotycką kryptę – najstarsze zachowane części świątyni.
Bazylika św. Marcina i krypta
Centrum życia klasztornego stanowi kościół św. Marcina. Jest on miejscem odprawiania mszy świętej i liturgii godzin. Budowę obecnego kościoła w Pannonhalmie, trzeciego w tym miejscu, stanowiącego szczytowe osiągnięcie wczesnego gotyku, rozpoczęto na początku XIII wieku za rządów opata Urosa i konsekrowano ok. 1224 roku.
Pierwszy kościół datowany jest na XI wiek. Jego pozostałości odkryto w podziemiach, po zachodniej stronie dzisiejszej budowli. Z zachowanych murów można wywnioskować, iż pierwszy kościół miał formę bazyliki o rozmiarach porównywalnych z dzisiejszą świątynią, z podwójną kaplicą i podwójną kryptą. Pod ścianą nawy południowej znajdują się fragmenty drugiego kościoła zbudowanego w XII wieku i konsekrowanego w 1137 roku za rządów opata Dávida. W trakcie prac wykopaliskowych odkryto w zakrystii dwa zamurowane wejścia oraz schody prowadzące do grobowców.