kolekcje króla Stanisława Augusta Poniatowskiego i Stanisława Kostki Potockiego.
Po upadku powstania listopadowego Biblioteka została zamknięta, a dużą część zbiorów, Gabinet Rycin, kolekcję numizmatyczną oraz katalogi i inwentarze wywieziono w 1832 r. do Petersburga.
W 1862 r. reaktywowano w Warszawie Uniwersytet, pod nazwą Szkoły Głównej. Biblioteka przyjęła nazwę Biblioteki Głównej, zaś jej dyrektorem został Józef Przyborowski, a jego zastępcą wybitny bibliograf Karol EstreicherPolski Słownik Biograficzny, t. VI..
W 1869 roku Szkołę Główną przekształcono w uniwersytet rosyjski. Wkrótce także Biblioteka Główna została podporządkowana Uniwersytetowi. W 1894 roku oddano do użytku zaprojektowany przez Antoniego Jabłońskiego-Jasieńczyka i Stefana Szyllera.
W sierpniu 1915 r. po opuszczeniu przez Rosjan Warszawy, Cesarski Uniwersytet Warszawski został ewakuowany do Rostowa nad Donem. Wywiezione zostały najcenniejsze zbiory biblioteki: inkunabuły, rękopisy, część inwentarzy i archiwum bibliotecznego. Biblioteka została ponownie uruchomiona jesienią 1915 r. wraz z odrodzeniem polskiego Uniwersytetu w Warszawie.