Jako chórmistrz podejmował działania antygermanizacyjne – pieśni śpiewane były po łacinie, a nie w języku niemieckim.
Po wojnie koncertował w Polsce i za granicą grając (propagując) muzykę kościelną, za co od papieża Pawła VI w 1964 otrzymał medal „Pro Eccelesia et Pontifice”. Od 1949 roku rozpoczął także współpracę z chórem dziecięcym, z którym występował na terenie całej Polski, m.in. u Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego..
Skomponował ponad sto trzydzieści utworów, w tym cztery msze. Nuty zapisywał alfabetem Braille’a.
Koncertował m.in. w Polskim Radio, w katedrze oliwskiej, w Chełmnie i bydgoskiej Farze.
Zmarł 7 kwietnia 1990 roku w Bydgoszczy i został pochowany na bydgoskim cmentarzu parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ulic Ludwikowo i Rynkowskiej.
3 kwietnia 2008 została odsłonięta tablica pamiątkowa przy ul. Śniadeckich 55 w Bydgoszczy, na domu, w którym mieszkał Szczepan Jankowski, a dnia 8 listopada 2010Bydgoszcz: nowa ulica ku czci ociemniałego organisty Szczepana Jankowskiego odbyło się uroczyste nadanie nazwy ulicy ku jego czciUchwała Nr LXVIII/1061/10 Rady Miasta Bydgoszczy z dnia 30 czerwca 2010 w sprawie nadania nazwy ulicy na terenie Bydgoszczy.