Pierwsza wzmianka w źródłach pisanych o Bożkowie, zwanym wtedy Ekkehardisdorf (łac. Eckardi Villa) pochodzi z 1348 r., jako dożywociu Eberharda von Maltwitza. W XIV w. istniała już spora wieś, poświadczona w źródłach w 1348 roku. W początkach renesansu został wybudowany pałac, od około 1520 roku w posiadaniu rodziny von Raueck. W XVI w. w Bożkowie zaczęto również eksploatować węgiel kamienny. Po wojnie czesko-palatynackiej posiadłość została skonfiskowana i oddana przybocznemu lekarzowi biskupa wrocławskiego Karola Habsburga (a następnie cesarza Ferdynanda III), Casparowi Jäschkemu von Eisenhutowi. Następnie przeszła w ręce jezuitów, od których wykupił ją Johann Georg von Götzen, który rozbudował pałac i w znacznym stopniu przyczynił się do budowy kościoła w jego obecnym kształcie. Po bezdzietnej śmierci w 1771 r. ostatniego męskiego potomka tego rodu, hrabiego Johanna Josefa von Götzena, majątek przeszedł w 1780 r. na syna jednej z jego sióstr, hrabiego Antona Aleksandra von Magnisa. Od tego czasu do końca II wojny światowej dobra pozostawały we władaniu tego rodu.