Erik Larsson Sparre, Hogenskild Bielke i Per Brahe Starszy, zostało oskarżonych o przestępstwa i usuniętych z urzędu. Pozostali członkowie rady zostali zmuszeni do przysięgi, że nie sprzeciwią się królowi, jeżeli ten nie pójdzie za ich radą.
Wiosną 1590 do Sztokholmu zwołano riksdag, na którym przyjęto nowe zasady następstwa tronu. W pierwszej kolejności tron przypaść miał męskim potomkom Jana III. Książę Karol miał zostać regentem w razie niepełnoletności któregoś z następców Jana III. Do śmierci Jana III (17/27 listopada 1592) obaj bracia żyli we wzajemnej zgodzie.
Konflikt z Zygmuntem Po śmierci Jana III Wazy spodziewane przybycie Zygmunta III Wazy do Szwecji doprowadziło do pojednania księcia Karola Sudermańskiego z członkami rady. Mieli oni rządzić wspólnie aż do przyjazdu następcy tronu. Luteranie szwedzcy uważali Zygmunta III Wazę za zagrożenie dla swego wyznania. Zygmunt był katolikiem i otaczał się członkami zakonu jezuitów. Obawiano się powszechnie, że nowy król przywróci w Szwecji wyznanie katolickie. Na początku marca 1593 Karol Sudermański zwołał do Uppsali zjazd, na który przybyło czterech biskupów, około 300 pastorów oraz członkowie rady królewskiej.