Systematyka Agathis to jeden z trzech współczesnych rodzajów z rodziny araukariowatych (Araucariaceae). Ze względu na duże podobieństwo roślin w obrębie rodzaju, zmienność cech morfologicznych liści i nietrwałość szyszek żeńskich, które rozpadają się podczas suszenia, klasyfikacja taksonów w obrębie rodzaju jest bardzo kłopotliwa i opiera się na analizach budowy męskich organów generatywnych i kutykuli. W przeszłości problemy taksonomiczne dotyczyły zwłaszcza taksonów raz wyodrębnianych, kiedy indziej łączonych, a reprezentujących najbardziej zmienny i najszerzej rozpowszechniony gatunek – Agathis dammara. Rodzaj dzielony był na 3, 4, 5 sekcje, ale żadna z tych klasyfikacji nie zyskała szerszego uznania. Badania molekularne DNA plastydowego wskazały na wyraźną odrębność grupy (kladu) gatunków nowokaledońskich (A. corbassonii, A. lanceolata, A. montana, A. moorei i A. ovata). Z powodu licznych cech wspólnych łączone w grupę dammara są takie gatunki jak A. borneensis, A. dammara, A. endertii, A. flavescens i A. philippinensis (bywają one wszystkie zresztą w niektórych ujęciach łączone w jeden gatunek Agathis dammara sensu lato.
W obrębie rodzaju wyróżnia się 22 gatunki: