W ostatniej dekadzie III wieku we wsi wybudowano synagogę, jednak jakiś czas później z nieznanych przyczyn wieś została opuszczona. Odkryte groby wskazują, że wieś była zamieszkała przez społeczność żydowską w latach od 750 do 1399. W XII wieku wieś odwiedził żydowski podróżnik Beniamin z Tudeli. Napisał on, że w Mirun znajdują się grobowce, w których jak wierzą miejscowi znajdują się szczątki Hillela, Szammaja i dwudziestu innych słynnych rabinów. Francuski rabin Samuel ben Samson odwiedził Mirun w 1210 i potwierdził obecność grobów Szymona bar Jochaja i jego syna Eleazara. Od XIII wieku Mirun było najczęstszym celem żydowskich pielgrzymek w Palestynie. W 1596 Mirun była dużą wsią z 715 mieszkańcami, którzy utrzymywali się z upraw winorośli, oliwek, oraz hodowli kóz i miodu.

W okresie panowania Brytyjczyków Mirun była małą wsią. We wsi znajdowała się szkoła dla chłopców.