Centra badawcze i biura JAXA posiada wiele ośrodków na terenie Japonii i parę biur poza granicami kraju. Centrala znajduje się w Chofu (Tokio). Ponadto ma: Centrum Badawcze Obserwacji Ziemi (EORC, Earth Observation Research Center), Tokio Centrum Obserwacji Ziemi (EOC, Earth Observation Center), Hatayama Centrum Testowania Noshiro (NTC, Noshiro Testing Center) – założone w roku 1962. Zajmuje się rozwojem i testami silników rakietowych. Centrum Balonowe Sanriku (SBC, Sanriku Balloon Center) – balony wypuszczane są z tego ośrodka od roku 1971. Centrum Napędów Kosmicznych Kakuda (KSPC, Kakuda Space Propulsion Center) - wiodący ośrodek rozwoju silników rakietowych. Pracuje głównie nad silnikami na paliwo ciekłe. Kampus Sagamihara (ISAS) - rozwój doświadczalnego osprzętu dla rakiet i satelitów, również budynki administracji. Centrum Lotów Kosmicznych Tanegashima Centrum Lotów Kosmicznych Tsukuba (TKSC, Tsukuba Space Center) w mieście Tsukuba. Centrum kontroli JAXA, koordynujące i monitorujące loty kosmiczne satelitów. Zajmuje się również badaniami i rozwojem technologii satelitarnej i rakietowej. Ośrodek zbudował m.in. urządzenia laboratorium Kibō (JEM) - modułu Międzynarodowej Stacji Kosmicznej.