Z powodu jego znanej patriotycznej postawy, władze austriackie nie wyraziły przy tym zgody na profesurę rzeczywistą, a jedynie nadzwyczajną i bezpłatną.
Józef Oettinger był autorem około 50 opublikowanych prac, głównie z zakresu historii medycyny i biografistyki, współzałożycielem i redaktorem pisma „Przegląd Lekarski”, tłumaczem dzieł Hipokratesa, współzałożycielem Towarzystwa Lekarskiego Krakowskiego, członkiem między innymi Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, Towarzystwa Lekarzy Polskich i Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego, członkiem nadzwyczajnym Akademii Umiejętności.
Angażował się w działalność społeczną i patriotyczną. W 1848 roku reprezentował gminę żydowską w krakowskim Komitecie Narodowym. Wraz z Abrahamem Gumplowiczem kierował pracami klubu politycznego postępowej, wspierającej asymilację inteligencji żydowskiej. Kierował zbiórką funduszy na rozbudowę szpitala żydowskiego w Krakowie. Do 1890 roku był radnym miejskim. W 1888 roku został kawalerem Orderu Franciszka Józefa.
Zmarł 2 października 1895 roku i został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ul.