W czasie niecałego roku, obóz przekształcił się w małe miasteczko–pierwsze na Alasce od czasu wykupu Alaski przez Stany Zjednoczone.
thumb|Juneau w 1887 roku
Pierwotnie miasteczko określane było mianem Harrisburg (po Richardzie Harrisie); jakiś czas później przydomek ten zmieniono na Rockwell, na cześć komandora podporucznika Charlesa Rockwella. W 1881 roku miasto zyskało swoją obecną nazwę, zaczerpniętą od nazwiska poszukiwacza złota Joe Juneau. W 1906 roku, po spadku zysków z wielorybnictwa i handlu futrami, znaczenie dotychczasowej stolicy Alaski, Sitka, zaczęło spadać i siedziba władz została przeniesiona do Juneau. W międzyczasie Juneau zyskało status największego miasta stanu.
W 1911 roku Kongres Stanów Zjednoczonych zatwierdził przyznanie funduszy na budowę kapitolu na Alasce. Jednakże z powodu wybuchu I wojny światowej jego konstrukcja została opóźniona; nastąpiły ponadto trudności w zakupie ziemi pod budowę obiektu. Lokalni mieszkańcy zebrali brakujące środki finansowe i prace konstrukcyjne rozpoczęły się 8 września 1929 roku. Budowa trwała niespełna dwa lata, bowiem obiekt został oddany do użytku 14 lutego 1931 roku.