Powierzchnia Juneau jest większa od między innymi stanu Delaware i, przez wiele lat, Juneau uznawane było za największe pod tym względem miasto w Stanach Zjednoczonych. Juneau jest ponadto jedyną stolicą stanu amerykańskiego, która graniczy z innym państwem, w tym przypadku: na wschodzie z Kanadą.
Sąsiednie boroughs Okręg Haines – północny zachód, zachód Okręg Hoonah–Angoon – południe, południowy wschód
Klimat Juneau leży w strefie wilgotnego klimatu kontynentalnego (klasyfikacja Köppena – Dfb), chociaż od strefy klimatu subarktycznego (klasyfikacja Köppena – Dfc) miasto dzieli minimalny dystans. Lokalny klimat jest łagodniejszy, niż może sugerować jego klasyfikacja, głównie ze względu na oddziaływanie Oceanu Spokojnego. Zimy są wilgotne i długie, jednak nie mroźne; średnia temperatura w nocy w styczniu, najchłodniejszym miesiącu, wynosi –6,3 °C (21 °F). Okresy wiosenne, letnie i jesienne są chłodne/łagodne, ze średnią temperaturą w dzień w lipcu, najgorętszym miesiącu, na poziomie +18,0 °C (65 °F). Średnie roczne opady śniegu wynoszą 213 mm i występują od listopada od marca. Opady deszczu występują całorocznie i, w zależności od miejsca, wahają się średniorocznie od 1400 do 2290 mm„Weather – Tongass National Forest”, w: fs.fed.us.