Natomiast pracę ideowo-wychowawczą harcerstwo prowadziło samodzielnie, za którą odpowiadał D. Patora. W połowie 1940 Józef Pawliczak opuścił Łódź, a Mieczysław Łętowski przeszedł do pracy w sztabie łódzkiego okręgu ZWZ. Odtąd do końca okupacji komendantem Chorągwi Łódzkiej był Dominik Patora.
Chorągiew Łódzka Harcerzy posiadała podczas okupacji kryptonim „Kominy”. Zasięgiem działania obejmowała początkowo całe województwo łódzkie. Później, ze względu na rosnące trudności w utrzymywaniu kontaktu z hufcami na terenie Generalnego Gubernatorstwa, ograniczyła swą działalność do terenów województwa włączonych do Rzeszy. W 1943 z polskich ziem wcielonych do Rzeszy utworzono odrębna jednostkę organizacyjną „Szarych Szeregów”. Jej działalnością kierował wizytator Głównej Kwatery.
W grudniu 1939 wyłoniono kierownictwo konspiracyjnej organizacji Harcerek Chorągwi Łódzkiej. Komendantką została Władysława Keniżanka–Olbromska. Nawiązała kontakt z Komendą Organizacji Harcerek w Warszawie i w myśl otrzymanych wytycznych zaczęła organizować pracę w Łodzi, W marcu 1942 Władysława Keniżanka–Olbromska zagrożona aresztowaniem opuściła Łódź, a jej funkcję przejęła Irena Chwiałkowska-Gembalska, do chwili aresztowania w 1944.