Organizacja Flota podzielona jest na trzy dowództwa, każde jest dowodzone przez flagmana w randze wiceadmirała. W dowództwach zachodnim i wschodnim działają także komodorzy floty podwodnej. Andamany i Nikobary podlegały pod zjednoczone dowództwo wszystkich rodzajów sił zbrojnych w Nowym Delhi, gdzie znajduje się też główne dowództwo marynarki, ale w 2013 archipelagi przejęła marynarka. Western Naval Command (WNC, dowództwo zachodnie) w Mumbaju, Mumbaj – niszczyciele Kolkata, Delhi, fregaty Talwar INS Vajrabahu, Mumbaj – baza okrętów podwodnych Kilo INS Kadamba, Karwar (Karnataka) – INS Vikramaditya (okręt flagowy) Eastern Naval Command (ENC, dowództwo wschodnie) w Visakhapatnam desantowiec typu Austin INS Jalashwa (okręt flagowy), niszczyciele Rajput, fregaty Talwar INS Virbahu, Visakhapatnam – baza okrętów podwodnych Kilo, niszczyciele Rajput, fregaty Shivalik INS Varsha – tajna baza dla atomowych okrętów podwodnych, obecnie Indie posiadają jedynie INS Chakra Southern Naval Command (SNC, dowództwo południowe) w Koczin INS Venduruthy, Koczin INS Dweeprakshak, Kavaratti odpowiedzialna za szkolenie, m.in.