Wiele z tradycyjnej wiedzy zostało w ten sposób utracone na zawsze.
W połowie XIX wieku zmienił się charakter brytyjskiego zaangażowania w rejonie. Wraz z powstaniem kolonii Wyspa Vancouver, na tereny Cowichan zaczęli napływać rolniczy osadnicy. Choć teoretycznie władze brytyjskie uznawały prawo Indian do zajmowanych ziem, praktycznie gubernatorzy kolonialni w sporach z kolonistami zawsze stawali po ich stronie. Z czasem, Cowichanie zostali wyzuci ze swych tradycyjnych posiadłości. Nie odbyło się to bez przemocy. Do aktów samoobrony i gwałtu dochodziło wielokrotnie. Do największych w latach 1853, 1856 i 1862. Szczególnie rok 1862 przeszedł do historii jako pogrom plemienia. Osadnicy wydali otwartą wojnę zbrojnie najeżdżając tereny plemienne. Wynik tych starć, korzystny dla osadników, został zalegalizowany przez władze reprezentowane przez gubernatora Douglasa. Indianie zostali osadzeni w niewielkim rezerwacie wydzielonym z terenów poprzednio przez nich zajmowanych.