Znana z Windows XP Service Pack 2 Zapora systemu Windows została rozbudowana. W systemie Windows Vista, zapora obsługuje ruch wchodzący i wychodzący, umożliwia definiowanie reguł na warstwach transportowej i sieciowej z uwzględnieniem specyfiki protokołów IPSec oraz IPv6. Zapora systemu Windows Vista pozwala na pełne zarządzanie nie tylko przez GUI, ale i przez wiersz poleceń oraz Group Policy.
Do systemu dołączony został również program chroniący przed programami szpiegującymi (dostępny jako darmowy dodatek dla systemów XP i Server 2003) o nazwie Windows Defender, tworzony na podstawie programu GIANT AntiSpyware firmy Giant Company Software Inc., wykupionej przez Microsoft 16 grudnia 2004.
Inną nowością są trójstopniowo (zamiast dwustopniowo) limitowane konta, dzięki którym można lepiej dopasować poziom uprawnień do użytkownika. Nowy rodzaj kont, Least Privileged User Account (LUA), który pozwala na trójstopniowe uprawnienia, jest najbardziej ograniczony i sprowadza się do jedynie podstawowych uprawnień, takich jak korzystanie z Internetu (jest możliwe odcięcie takiemu użytkownikowi dostępu do niektórych stron), czy eksploracja jego własnych folderów.